Chaque structure départementale a son financement propre qui est assuré selon les cas par :
Le Conseil Général,
Une participation des communes au prorata des surfaces et du type de cultures protégées,
Les Chambres d’Agriculture, les Assurances, des Syndicats agricoles….
Les adhérents institutionnels contribuent au fonctionnement de l’ANELFA par :
Le versement de charges fixes (Cotisation annuelle et Participation aux charges communes calculée en fonction du nombre de postes en service dans le département),
Le versement de charges variables, couvrant la fourniture de solution et de matériel.